藥廠工藝設計是藥廠設計的主要環節，工藝設計的好壞直接影響生產和技術的合理性，并且與建設費用、藥品生產質量、產品成本、勞動強度等都有密切的關系。同時，工藝設計又是其他非工藝設計的依據。因此，工藝設計在生物制藥工廠工程設計中占有非常重要的地位。工藝設計的主要內容如下。
1、確定生產工藝流程。
2、進行物料計算。
3、工藝設備選型和計算
4、車間工藝設備布置。
5、確定勞動定員及生產班制。
6、車間水、電、汽（氣）、冷公用工程用量的估算。
7、管路計算和設計。
8、設計說明書的編寫。
9、概預算的編寫。
10、非工藝項目的設計。
此外，還必須向其他專業提出下列要求。
1、工藝流程、車間布置對總平面布置相對位置的要求
2、工藝對土建、暖通、自控等非工藝專業設計的要求。
3、車間水、電、汽（氣）、冷用量及負荷要求。
4、工藝用水的水質要求。
5、對排水性質、流量及廢水處理的要求
通過工藝設計，應使生物制藥工廠在工藝技術、設備布置和選型、勞動組織等方面能保證設計項目投產后正常生產、經濟適用，符合GMP，并在產品的數量和質量上達到設計要求。