在食品工廠設計中，對食品工廠潔凈室不僅依靠空氣過濾的方法，使送入食品工廠潔凈室內的空氣中的生物或非生物微粒數量受到嚴格控制，還要對室內器具、地面、墻面、壁板等表面進行消毒處理。因此，生物潔凈室除了滿足一般食品工廠潔凈室的要求外，其內部材料還要能經受各種滅菌劑的侵蝕。
通過亞高效或高效過濾器的空氣可視為無菌空氣，但是過濾僅是一種除菌手段，并沒有殺菌作用，由于食品工廠潔凈室內有人員、物料等污染源存在，因此只要有微生物所需要的營養源存在的地方，就可能使微生物生存、繁衍。因此食品工廠潔凈室的設計、管理運行中決不可忽視消毒滅菌措施。
傳統的滅菌方法有紫外線滅菌、藥劑滅菌和加熱滅菌。這些方法已被人們熟知，其安全可靠性已被長期的實踐確認。但這些方法也有各自的缺陷，如紫外線殺菌，其裝置設置和使用都較方便，但因穿透能力有限，對紫外線照射不到的地方，滅菌效果不好，且燈管壽命短，更換頻繁，運行費用高；化學試劑滅菌，如甲醛熏蒸法，操作麻煩，熏蒸時間長，有二次污染物，對體有一定的危害，熏蒸后殘留物附著在潔凈室的墻面和設備表面等，需要擦凈，有時處理不當，在滅菌后的數日內，其懸浮粒子數會有所增加；加熱滅菌包括干熱和濕熱，其缺點是溫度高、能耗大，有些物品如某些原材料、儀器儀表、塑料制品等則不宜采用。
近年來，臭氧滅菌在醫藥產品、生物藥品制造過程中得到日益廣泛的應用，臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁體和芽孢、病毒、真菌等，可破壞內毒桿菌毒素。臭氧在水中的殺菌作用較氯快。臭氧滅菌方法現已在一些生物潔凈室用于管道和容器的消毒滅菌，通過凈化空調系統對潔凈室滅菌，物品的表面消毒和水的消毒滅菌等。
在具體的食品工廠潔凈室中采用哪一種滅菌方法，應根據食品工廠潔凈室的用途、產品生產工藝特點和采用的生產設備的實際情況確定。
臭氧（O3）是氧的同類異形體。臭氧是一種強氧化劑，它的滅菌過程屬于生物化學氧化反應，氧化分解細菌內部氧化葡萄糖所必須的葡萄糖氧化酶；可直接與細菌、病毒發生作用，破壞其細胞、核糖核酸等。臭氧屬于溶菌類的滅菌劑，當空氣中含有一定濃度臭氧（2～15）×10-6］，對細菌、病毒等微生物內部結構有極強的氧化破壞性，可達到殺滅細菌繁殖體、芽孢、甲乙型肝炎病毒、真菌和原蟲胞囊等各種細菌，還可破壞內毒桿菌的毒素及立克次氏體等。臭氧具有很強的除霉、腥、臭，防霉、防蟲蛀等作用。
臭氧滅菌法與紫外線法、化學熏蒸法等相比，具有操作使用方便，不像甲醛熏蒸法費工費時，也沒有二次污染的清洗問題；不像紫外線照射法可能出現的死角，臭氧的擴散作用可使任何角落都得到消毒滅菌。目前臭氧滅菌法已在國內200多家醫藥工廠使用，主要用于潔凈室消毒滅菌和凈化空調系統，對純水及注射水消毒滅菌等，已有20多家通過GMP認證。醫藥工廠潔凈室的臭氧滅菌一般是在凈化空調系統等適當位置安裝臭氧發生器，消毒滅菌時關閉新風進口和回風對外排放風閥，使裝置外形整個被消毒滅菌的潔凈室空氣通過風管形成循環狀態，每天開機做空氣滅菌1～1.5h。