醫藥廠房初步設計是以大量的圖、表和必要的文字說明完成的，一般應包括以下內容。
一、總論概述工程項目的設計依據、醫藥廠房設計規模、醫藥廠房設計原則、建設地點、產品方案、生產方法、醫藥廠房車間組成、原材料來源、產品銷售、主要技術經濟指標、存在的問題及解決的辦法等。
二、總平面布置及運輸確定總平面布置原則，并以此原則對醫藥廠房區域進行劃分，繪制全廠的總平面布置圖。在運輸方面，主要是確定醫藥廠房內外的運輸方案以及存在的問題和解決辦法。
三、制藥工藝設計根據全廠的總生產流程和總平面布置圖，按車間（如原料藥車間、制劑車間、機修車間等）或產品品種分別進行車間、產品品種的工藝設計，其中主要包括工藝流程設計、物料衡算、能量衡算、定型設備的選型、非標設備的設計、設備的布置、管道的計算與布置等。
四、土建工程設計根據醫藥廠房廠址位置的地形、地質等條件以及施工建材等客觀因素，確定滿足生產工藝要求的車間、輔助車間的建筑物的結構以及防震抗震設計和其他特殊工程設計等，并對存在的問題提出建議。
五、給排水及污水處理工程設計確定生產、生活、環保、消防用水的水量、水質和水壓要求，說明水源、取水方案、輸水方式和水質處理方法，確定全廠的排水量、污水性質及污水處理方案，確定循環用水方案以及給排水設備的設計與選型等。
六、采暖通風及空調系統工程設計確定采暖通風及空調系統的設計參數、設計指標和設備選型。制藥車間內的通風應符合國家安全和衛生標準的規定。有潔凈度要求的車間、工段或工序，其凈化空調系統應保證相應的溫度、濕度和潔凈度要求。
七、動力工程設計確定供冷、供熱、供汽和供氣系統的設計參數、設計指標和設備選型。
八、電氣與照明工程設計包括輸變電、照明等系統的設計。電氣設計應根據制藥車間的防火防爆等級選用相應的防爆產品。潔凈車間的電氣和照明設計還應符合醫藥潔凈廠房的要求。
九、儀表及自動控制工程設計確定儀表的選型和自動控制方案，有條件的應采用計算機數字化控制方案，以實現操作過程的自動化、程序化、數字化和智能化。
十、安全衛生和環境保護工程設計設計過程中，凡涉及藥廠安全的，尤其是防火防爆問題，必須嚴格按照有關的規范和法規進行處理。勞動者的健康和安全、各種消防設施、安全通道和防火墻等，都是醫藥廠房設計者必須考慮的重要問題。
新建、改建或擴建制藥工程項目都必須遵守國家的環境保護法規，切實執行環境評價報告制度和“三同時（環保設施與主體工程同時設計、同時施工、同時投產）”制度，對噪聲的防治及污染物的處理和綜合利用要有明確的設計方案。
十一、工程概算完成工程項目的總概算及各工序的單項概算，并編制總概算說明書。
十二、有關附件包括各種表格（如設備一覽表、材料估算表等和圖紙（如全廠總平面布置圖、物料流程圖、初步設計階段帶控制點的工藝流程圖、主要設備裝配圖、車間設備的平面布置圖和立面布置圖等）。