化學(xué)制藥廠排出的污染物通常具有毒性、刺激性和腐蝕性，這也是制藥工業(yè)污染的共同特征。此外，制藥廠的污染物還具有組分多、數(shù)量大、間歇排放、pH不穩(wěn)定、化學(xué)需氧量（COD）高等特點(diǎn)。這些特點(diǎn)與防治措施的選擇有直接的關(guān)系。
一、組分多、相對量大
制藥廠對環(huán)境的污染主要來自于原料藥的生產(chǎn)。雖然原料藥的生產(chǎn)規(guī)模通常較小，但排出的污染物的數(shù)量相對較大；且化學(xué)原料藥的生產(chǎn)具有反應(yīng)多而復(fù)雜、工藝路線較長等特點(diǎn)，因此所用原輔材料的種類較多，反應(yīng)形成的副產(chǎn)物也多，有的副產(chǎn)物甚至連結(jié)構(gòu)都難以搞清，這給污染的綜合治理帶來了很大的困難。
二、間歇排放
由于藥品生產(chǎn)的規(guī)模通常較小，因此化學(xué)制藥廠大多采用間歇式生產(chǎn)方式，污染物的排放自然也是間歇性的。間歇排放是一種短時間內(nèi)高濃度的集中排放，而且污染物的排放量、濃度、瞬時差異都缺乏規(guī)律性，這給環(huán)境帶來的危害要比連續(xù)排放嚴(yán)重得多。此外，間歇排放也給污染的治理帶來了不少困難。如生物處理法要求流入廢水的水質(zhì)、水量比較均勻，若變動過大，會抑制微生物的生長，導(dǎo)致處理效果顯著下降。
三、pH不穩(wěn)定
化學(xué)制藥廠排放的廢水，有時呈強(qiáng)酸性，有時呈強(qiáng)堿性，pH很不穩(wěn)定，對水生生物、構(gòu)筑物和農(nóng)作物都有極大的危害。在生物處理或排放之前必須進(jìn)行中和處理，以免影響處理效果或者造成環(huán)境污染。
四、化學(xué)需氧量高
化學(xué)制藥廠產(chǎn)生的污染物一般以有機(jī)污染物為主，其中有些有機(jī)物能被微生物降解，而有些則難以被微生物降解。因此，一些廢水的化學(xué)需氧量很高，但生化需氧量卻不一定很高。對于那些濃度高而又不易被生物氧化的廢水要另行處理，如萃取、焚燒等。否則，經(jīng)生物處理后，出水中的化學(xué)需氧量仍會高于排放標(biāo)準(zhǔn)。