一、食用菌凈化車間設備的管理和使用
凈化車間專人管理，專人負責開關機器，專人負責凈化車間的消毒，并做好各種機器設備的運行狀態、凈化車間的壓差、溫度、濕度、照度等相關數據的記錄。工作時提前一個小時打開凈化空氣調節系統、臭氧、紫外線燈進行空間消毒，接種開始前半小時關掉臭氧和紫外線燈。開機器時要先開空氣調節系統中的風機，再開制冷機組，關機器時要先關空氣調節系統中的制冷機組，再關風機。
二、食用菌凈化車間人員的管理
嚴禁無關人員進入凈化車間，工作人員要嚴格按照規范程序進入凈化車間。必須穿上規定的鞋子，規定的潔凈服，并戴好口罩和帽子，經過風淋室吹淋后通過人流通道進入操作車間。在工作中，接種人員要對手進行消毒，并且戴上手套，防止污染。口鼻內存在大量的病毒、細菌和顆粒物，因此，在食用菌凈化車間內應盡量避免喊叫或者高聲說話，盡量地避免咳嗽和打噴嚏，以免影響接種成品率。在平時，接種人員要定期進行洗澡、洗頭，保持個人衛生。在每次進入凈化車間之前，都應該對手進行徹底的清潔，尤其應該注意指甲和指甲根部。在日常的工作過程中，應當對這些注意事項要做特別了解，并且在工作中按照相關的操作流程來行事，這樣才能保證生產環境的整潔，才能保證菌種菌棒生產的順利進行。
三、食用菌凈化車間物流的管理
工作人員進入凈化車間的時候，不能帶進平時生活中的物品，進入凈化車間的物流和人流要分開，進入食用菌凈化車間的貨物需經過貨淋的吹淋后從物流通道進入凈化車間，當班次所需的物品和原料原則上一次性帶入，盡量減少開門次數以減少感染的機會。在車間內，推車周轉菌種和菌棒時速度不能太快，以防碰壞墻壁。