制藥廠潔凈室常用的管道有:無縫鋼管、不銹鋼管、焊接鋼管、軟管。
管路中使用各種閥門調(diào)節(jié)流量、切斷管路以對(duì)管路起安全、控制作用。根據(jù)閥門在管路中的作用不同，分為截止閥、節(jié)流閥、止回閥、安全閥、減壓閥；根據(jù)閥門的結(jié)構(gòu)不同，分為閘閥、球閥、蝶閥、隔膜閥等；根據(jù)閥門材料不同，分為不銹鋼閥、鑄鐵閥、塑料閥等。
管路的連接包括管道與管道、管道與管件（包括短管、彎頭、三通、四通、異徑管、絲堵、盲板、視鏡、阻火器、過濾器等）的連接、閥門與設(shè)備接管口的連接。常見的連接方式有:法蘭連接、螺紋連接、焊接、卡連接等。
制藥廠的潔凈生產(chǎn)廠房可根據(jù)業(yè)主要求、建設(shè)規(guī)模、投資等情況確定潔凈室上下水、空氣管道等是否采用不銹鋼管道和不銹鋼閥門。當(dāng)不銹鋼管和普通鋼管需要連接時(shí)，應(yīng)在連接處采用法蘭連接。
制劑車間管道設(shè)計(jì)除按化工生產(chǎn)一般設(shè)計(jì)規(guī)定外，還須遵守下列原則:
（1）在有潔凈要求的區(qū)域，工藝配管中的公用工程系統(tǒng)主管應(yīng)敷設(shè)在技術(shù)夾層、技術(shù)夾道或技術(shù)豎井中。這些主管上的閥門、法蘭、螺紋接頭不宜設(shè)在技術(shù)夾層、技術(shù)夾道或技術(shù)豎井內(nèi)，這些地方的管道連接應(yīng)采用焊接。對(duì)于這些主管的吹掃口、放凈口和取樣口均應(yīng)設(shè)置在技術(shù)夾層、技術(shù)夾道或技術(shù)豎井之外。
（2）在滿足工藝要求的前提下，工藝管道應(yīng)盡量縮短。輸送無菌介質(zhì)的管道應(yīng)設(shè)置滅菌措施，管道不得出現(xiàn)無法滅菌的“盲區(qū)”。
（3）輸送純化水、注射用水的主管應(yīng)采用環(huán)形布置，不應(yīng)出現(xiàn)“管”等死角。
（4）藥廠潔凈室內(nèi)的管道應(yīng)排列整齊、管道應(yīng)盡量少敷設(shè)，引入非無菌車間的管道可明敷，引無菌車間的支管不可明敷，盡量減少潔凈室內(nèi)的閥門、管件和管道支架。管道的連接方式常采用安裝、檢修和拆卸均較方便的卡箍連接。
（5）排水主管不應(yīng)穿過潔凈度要求高的房間，100級(jí)潔凈室內(nèi)不得設(shè)地漏，1萬級(jí)潔凈室和10萬級(jí)潔凈室也應(yīng)少設(shè)地漏。設(shè)在潔凈室的地漏應(yīng)采用帶水封、帶隔柵和塞子的全不銹鋼內(nèi)拋光的潔凈室地漏，開啟應(yīng)方便，能防止廢氣倒灌。必要時(shí)可消毒滅菌。潔凈區(qū)的排水總管頂部設(shè)排氣罩，設(shè)備排水口應(yīng)設(shè)水封，地漏均需帶水封。
（6）藥廠潔凈室管道應(yīng)視其溫度及環(huán)境條件（溫度、濕度）確定絕熱條件。冷保溫管道的保溫層外壁溫度不得低于環(huán)境的露點(diǎn)溫度。管道保溫層表面必須平整、光潔，整體性能好，不易脫落，不散發(fā)顆粒，絕熱性能好，易施工的材料，并宜用金屬外殼保護(hù)。
（7）藥廠潔凈室內(nèi)的配電設(shè)備的管線應(yīng)暗敷，進(jìn)入室內(nèi)的管線口應(yīng)嚴(yán)格密封，電源插座宜采用嵌入式。
（8）藥廠潔凈室及技術(shù)夾層、技術(shù)夾道內(nèi)應(yīng)設(shè)置滅火設(shè)施和消防給水系統(tǒng)。