凈化車間工程技術已經經歷了半個多世紀的發展，隨著科學技術的發展，越來越多的行業和產品需要使用到凈化車間，并且在未來，產品對凈化車間的潔凈度的要求也會越來越來高，施工技術也會越來越復雜。目前，凈化車間使用的最多的行業是微電子、醫藥工業和食品工業這三大行業。
一、微電子
在這三大行業中，微電子是對凈化車間潔凈度要去最高的。特別是大規模和超大規模集成電路的發展，對潔凈度提出了非常高的要求。在集成電路的制造工藝中，集成度越大，對空氣中的微粒濃度要去就越高，因為對于超大規模集成電路來說，里面的元件是非常小的，就算是一粒灰塵都有可能造成電路短路。還有就是液晶顯示器制造同樣對潔凈度的要求非常的高。
二、食品工業
民以食為天，食品是人們最基本的需求，食品工業也是與人們生活最息息相關的行業。食品的包裝，食品的制造均需要用到食品廠凈化車間。特別是食品的無菌包裝，食品無菌包裝在保持食品色，香，味方面的優勢遠遠超過高溫殺菌的罐裝食品，所謂無菌包裝，就是直接在凈化車間中完成的包裝工藝。隨著全球人口的增長，生活節奏的加快，早期的農耕模式已經不在適用于今天人們對食物的大量需求了，并且食物的花樣也是越來越多，所以流水線式的食品工業就非常重要了，而凈化車間的出現，保證了食品的質量，同時也讓食品的保質期更長。
三、醫藥工業
人這一生總是避免不了生老病死，只要生病就免不了進醫院，進醫院無非就是吃藥、輸液、手術。而這些藥物的生產和手術室建設都是需要凈化工程技術的。
（1）藥品生產制藥廠的生產環境對藥品的生產質量、人體健康有重大關系。我國《藥品生產管理規范》（即GMP）早已在全國范圍內實施，根據不同的工藝過程對生產環境提出了不同的潔凈度級別要求。對于原料藥、粉劑、針劑、片劑、大輸液的生產、灌裝等工藝，均已制定了潔凈區和控制區的潔凈標準。作為生物潔凈室，除對生物粒子（細菌數）有明確的限制條件之外，還限定空氣中塵埃粒子的含量。
（2）醫院白血病的治療室、燒傷病房、急性傳染病的預防病房、外科手術室，也必須根據具體條件采用潔凈技術，以防止空氣中細菌感染，對治療起到環境的保障作用。
（3）醫學科學實驗對于實驗動物飼養、遺傳工程等實驗醫學科學過程，也需配備潔凈環境，才能取得有效的成果。為此，以潔凈技術為重要手段的生物安全技術也得到迅速的發展。
三、其他行業
除了以上三大行業，航空航天、精密儀器、儀器儀表、精細化學及日用化工等行業都需要用到凈化車間。