生鮮食品廠設計應以容易清洗和能夠有效防止產品被微生物、物理和化學污染物污染為原則。為了減少直接污染和交叉污染，應該注重機械結構設計、強調合適的生產流程、使用恰當的建筑材料、采用便捷的運輸方式和保證合適的氣流。設備和管道的設計應該便于維護并能提供良好的衛生條件，以保證在接收、冷卻、處理、包裝和貯存過程中有效防止和控制污染。
生鮮食品在加工過程中，由于破壞了自身的天然外部屏障，極易受到微生物的污染。因此，在加工過程中使微生物的污染降至最低是生鮮食品廠房設計的重點。利用 HACCP原理進行生鮮食品廠的衛生優化設計，將避免發生以往經常發生的工廠在交付使用后因不符合衛生要求而進行大幅度的拆改、調整、修補等造成重大經濟損失的問題。考慮到生鮮產品加工、貯藏過程的影響衛生危害性因素，在設計上要采取有效措施進行預防。生鮮食品企業廠房設計過程通常是從內部到外部來考慮的，即先制訂工藝要求與設備布局，然后定出廠房的外形尺寸。食品廠房設計應具有以下特點。
①為了保證食品的安全性，設計時需采取各種可能的措施使廠房內、外部環境對原料生產、成品、包裝等污染的可能性降至最低。
②必須按食品GMP的要求，采用一系列衛生設施，如洗手、消毒設施，操作人員更衣室等。
③生鮮食品生產季節性強，需具備一定的靈活性，即充分考慮變換產品，甚至擴大產量的可能性。
④生鮮食品工業的原料來自農、牧、副、漁業，為了食品安全與衛生的需要，防止交叉污染，需設計出最佳的物流和最少的橫向運輸