藥廠工藝流程設計是在確定原料路線和技術路線的基礎上進行的，它是整個藥廠工藝設計的中心工藝流程設計是工程設計中最重要、最基礎的設計步驟，對后續的物料衡算、能量衡算、藥廠工藝設備設計、藥廠車間布置設計和管道布置設計等單項設計起著決定性的作用，與車間布置設計一起決定著車間或裝置的基本面貌。因此，藥廠設計人員在設計工藝流程時，要做到認真仔細，反復推敲，努力設計出技術上先進可靠、經濟上合理的工藝流程。
藥廠工藝流程設計的任務是通過圖解和必要的文字說明將原料變成產品（包括污染物治理）的全部過程表示出來。具體包括以下內容:
（1）確定藥廠工藝流程的組成。確定工藝流程中各生產過程的具體內容、順序和組合方式，是工藝流程設計的基本任務。生產過程是由一系列的單元反應和單元操作組成的，在工藝流程圖中可以用設備簡圖和過程名稱來表示，各單元反應和單元操作的排列順序和組合方式可以用設備之間的位置關系和物料流向來表示。
（2）確定藥廠工藝流程中工序劃分及其對環境的衛生要求（如潔凈度）
（3）確定載能介質的技術規格和流向。水、電、氣（汽）、冷等，其技術規格和流向可用文字和箭頭直接表示在圖紙上。
（4）確定操作條件和控制方法。保持生產方法所規定的工藝條件和參數，是保證生產過程按給定方法進行的必要條件。藥廠工藝流程設計要確定各加工工序和單元操作的空氣潔凈度、溫度、壓力、濃度、流量、流速、pH值、分裝、包裝量等檢測點，顯示儀器和儀表以及各操作單元之間的控制方法（手動、機械化或自動化）
（5）確定安全技術措施。對生產中可能存在的各種安全問題，應確定相應的預防和應急措施，如:設置阻火器、報警裝置、爆破片、安全閥、安全水封、放空管、逸流管、泄水裝置、防靜電裝置，此外，應增加防毒、防雷、防爆、防塵、防噪等措施在確定安全措施時，應特別注意開車、停車、停水、停電和檢修等非正常運轉情況下可能存在的各種安全問題。
（6）繪制工藝流程圖，編寫生產工藝操作規程。根據工藝流程圖編寫生產工藝操作規程，闡述從原料到產品的每一個過程和步驟的具體操作方法例如原料及中間體規格，加入量或加入速度，配比，工藝操作條件（如時間、溫度、壓力、濃度等），控制方法，過程現象，異常情況處理，產物的得量、收率、轉化率、質量規格等
藥廠工藝流程設計通常采用兩個階段，即初步設計和施工圖設計。在初步設計階段，需繪制工藝流程框圖、工藝流程示意圖、物料流程圖和帶控制點的工藝流程圖；在施工圖設計階段，需繪制施工階段帶控制點的工藝流程圖。
根據生產工藝流程圖，編寫生產工藝操作說明書，闡述從原料、輔料到產品的每一個過程和步驟的具體操作辦法。