確定藥廠廠址后，需要根據工程項目的生產品種、規模及有關技術要求，密考慮和總體解決工廠內部所有建筑物和構筑物在平面和豎向上布置的相對位置，以及運輸網、工程網、行政管理、福利及綠化設施的布置問題，即進行藥廠的總平面設計。
藥廠廠房總平面設計的內容包括:總平面設計、立面布置設計、運輸設計、管線布置設計和綠化設計
一、藥廠總平面設計的依據和原則
藥廠總平面設計的依據主要有:
（1）政府部門下發、批復的與建設項目有關的一系列管理文件；
（2）建設地點建筑工程設計基礎資料（廠區廠貌、工程地質、水文地質、氣象條件及給排水、供電等有關資料）；
（3）建設地點廠區用紅線圖及規劃、建筑設計要求；
（4）建設項目所在地區控制性詳細規劃
藥廠的各區域在總平面設計中的相對位置（布局）應由以下一些原則來確定:
（1）下風原則潔凈區、辦公室、生活區應布置在該地區的上風處，產生有害氣體、粉塵的生產區域、輔助生產區域應布置在下風處。地區的主導風向由當地氣象部門根據多年的風向觀測資料所畫出的風玫瑰圖確定。
（2）人、物流分流原則。
（3）方便輸送、有利生產原則。
（4）物流管線、輸變電線路、通信線路統籌規劃原則。
（5）因地制宜，結合廠區地形、地貌，節約用地原則。
（6）考慮工廠發展，使近期建設和遠期發展相結合的原則。
二、藥廠總平面設計的廠區劃分和總平面布置圖
藥廠廠區的劃分就是根據生產、管理和生活的需要，結合安全、衛生、管線、運輸和綠化的特點，將全廠的建筑物（構筑物）劃分為若干個聯系緊密而性質相近的單元，以便進行總平面布置。
藥廠廠區劃分一般以主體車間為中心，分別對生產輔助生產、公用系統、行政管理及生活設施進行歸類分區，然后進行總平面布置。
一般生物制藥廠的廠區劃分如下:
（1）生產區:包括發酵車間、提取車間、制劑車間等。
（2）輔助區:包括機修、電工、儀表、動物房、質檢中心等輔助車間。
（3）倉儲區:包括原料庫、輔料庫、包裝材料庫、成品庫、車庫、道路等
（4）動力及公用系統:包括制水站、鍋爐房、壓縮空氣站、冷凍站、變電所、配電房、泵房、污水處理車間等
（5）管理與生活區:生產、技術、質量、安全與衛生、勞動、財務、供銷等管理部門，藥物研究所、培訓中心、食堂、醫院、員工宿舍、綠化美化設施等
（6）其他:消防設施、環保設施、車庫、道路等。