藥廠廠房設計是由多門學科、專業綜合的復雜工程，土建工程是藥廠廠房設計施工的基礎，下面筆者就談下藥廠車間工藝布置對土建專業設計的要求。
（1）藥廠設計對土建專業的一般要求
①土建專業設計人員依據車間工藝布置及建筑本身的可能性與合理性包括建筑形式、結構方案、施工條件和經濟條件等）進行土建設計。②《藥品生產質量管理規范》要求生物制藥企業的生產廠房應有防止昆蟲和其他動物進入的設施，土建專業設計人員進行建筑設計時必須采取相應的措施。
（2）藥廠設計對潔凈生產廠房的特殊要求
①藥廠潔凈室（區）的內表面應平整、無裂縫，接口嚴密、無顆粒物脫落，并能耐受清洗和消毒，墻壁與地面的交叉處宜成弧形或采取其他措施，以減少灰塵積聚和便于清洗。藥廠潔凈室（區）的窗戶、天棚及進入室內的管道、風口、燈具與天棚的連接部位均應密封。位于外部圍護結構的大門是人流、物流出入的通道，門的開啟對熱、濕、微生物、塵粒等干擾源的滲漏起關鍵作用，必須采取相應的隔離措施，如設置內走道、彈簧門、感應門，同時還必須考慮防蠅、防蟲、防鼠等措施，如風幕、滅蚊燈、撲蟲器等。
②建筑物的沉降縫不應設在潔凈區內
③對藥廠潔凈室（區）裝修材料和建筑構件的要求:
a. 地坪或地面，關于地坪或地面的要求是耐磨、耐浸蝕、防靜電、防滑、易清洗，可無接縫加工；
b. 天棚和天棚材料，對天棚和天棚材料的要求是硬質、平整、光潔、無孔隙、不脫落、無裂縫、接口嚴密，能耐熱水、消毒劑，能經常沖洗，天棚分硬吊頂和軟吊頂，硬吊頂即鋼筋混凝土吊頂，軟吊頂有彩鋼板吊頂、鋼絲網抹灰吊頂、輕鋼龍骨紙面石膏板吊頂等，目前，國內外普遍采用彩鋼板吊頂，但應避免使用聚苯乙烯彩鋼板；
c. 門窗，潔凈室用的門窗要簡單、平整、不易積塵、易清洗，門框不應有門檻，門宜朝潔凈度級別較高的房間開啟，氣閘室的門應有不能同時被打開的措施，潔凈室窗戶必須是固定窗，氣密性好，并與室內墻齊平。
④對藥廠潔凈廠房防火防爆的安全要求:醫藥潔凈廠房建筑物耐火等級為一二級，其隔墻和吊頂必須要滿足一二級耐火等級的要求。當潔凈室區使用易燃易爆介質時應采用難燃燒體或不燃燒體來做隔斷，并采用不發火地面。防爆和非防爆場所之間要設置防爆墻、緩沖間，防爆場所要考慮泄爆措施。潔凈室（區）安全出口數目一般不應少于2個，且廠房內最遠工作點至外部出口或樓梯的距離應不小于廠房的安全疏散距離。