一、藥廠設計之廠房集中布置
藥廠廠房集中布置或車間加以合并是提高建筑系數及利用系數，減少投資的有效措施之一。在藥廠廠房集中或合并時，要注意考慮藥品生產的特點，防止相互交叉污染。總的來說，在技術、經濟合理的前提下，盡可能將建筑物加以合并。進行廠房集中布置時，應注意以下幾點要求:①應滿足生產工藝要求，并考慮擴建和工藝改革的可能性；②要有消除生產上相互影響的有效措施；③能適應建筑結構、設備基礎及施工的要求；④應充分考慮在一個車間內更換品種輪換生產的可能性。
藥廠廠房的集中布置一般有幾種形式:一是水平方面合并，即將幾個生產性質相近的車間、工序合并或串聯。如中藥提取、蒸發濃縮等過程就可組成流暢的生產線，這樣按照工藝流程組成的（聯合）車間對減少生產中的交叉往返及節約土地都有積極的作用。二是垂直方向上合并，即采取單層改多層，這樣廠房內部平面路線和運輸路線由垂直方向所取代，也就節約了土地面積。三是混合方向合并，即單層與多層合并，如多種劑型的生產車間布置在一個樓內等，這樣既能滿足工藝操作的要求，又能節約占地面積。這三種方式要視具體情況而定。此外，也可與相鄰工廠開展廠際協作，如合建鍋爐房、變電所等，這樣不僅可以節約用地，減少管理人員，而且可以降低成本。
二、藥廠設計之建筑物、構筑物之間的距離
當建筑物、構筑物的相對位置確定后就要進一步確定各建筑物、構筑物之間的距離。決定建筑物之間距離的因素很多，在生物制藥工廠中，主要考慮防火、防爆、防毒、防塵等安全因素和通風采光等衛生條件。此外，地形和地質條件、交通運輸、管線布置等因素也應加以考慮。在這些因素中，防火間距是特別重要的，防火間距是根據生產的火災危險性、建筑物的耐火等級、建筑面積、建筑層數等因素確定的，具體防火間距設計可參照“建筑設計防火規范”。