在藥廠設計中，大氣污染是最常見的污染源，并且大氣污染也會對潔凈室的空調系統產生污染，所以筆者就談下藥廠設計之大氣污染源控制和空調系統污染源控制。
一、藥廠設計之大氣污染源控制
在藥廠設計中，為了減少或避免大氣污染源對藥品生產潔凈室（區）的影響，生物制藥工廠廠址宜選在大氣含塵濃度較低、周圍環境整潔、無污染源的地區，這是新建、遷建藥工廠首先要考慮的條件。其次，生物制藥廠潔凈廠房相距市政交通干道不宜小于50m。第三，廠區道路應整齊，路面產塵少，盡量減少裸土面積。第四，應保持潔凈室的密封及室內正壓，防止未經凈化處理的空氣滲進室內。第五，送入潔凈室（區）的空氣必須經過凈化處理。第六，潔凈室內排水設備以及重力回水管相連的設備排水口下部應設置可靠的水封。
二、藥廠設計之空調系統污染源控制
在藥廠設計中，空調系統往往在客觀上形成了產生微生物污染的污染源，但它不是原來固有的，而是系統運行之后由于在某些地方積聚塵粒和水分（或濕度較高），使微生物繁殖成為可能，微生物在繁殖過程中會產生多種代謝物［氣味、毒素、過敏物質（如細胞膜、碎屑）及尸體］，大多數代謝物的粒徑很小，很容易透過過濾器，由送風機將其帶入潔凈室（區），可見單純的空氣過濾無法有效地控制微生物，通常還需要對空氣進行定期消毒。空氣消毒的方法有:臭氧消毒、化學藥劑熏蒸、紫外線照射、消毒液噴灑。應該指出，無論是何種消毒方法，消毒劑都存在一定耐藥性。GMP要求消毒劑品種應定期更換，所以至少要同時考慮兩種消毒方式，如臭氧消毒方式甲醛消毒或臭氧消毒＋紫外線消毒。此外，在保證功能要求的前提下，對凈化空調機組進行合理設計，并從部件的設計、制作上消除積塵滋菌隱患，避免水分的產生、積存或局部形成高濕度，對克服空調系統污染有積極的作用。