①隨著科學技術的發展，生物制藥工廠已逐步實現現代化生產，在產品結構、工藝技術、生產裝置、基礎理論研究等方面都有較大的突破。因此，在進行生物制藥工廠工藝設計時，應反映科學技術的進步，采用先進的工藝技術和裝置。
②設計工作必須認真進行調查研究，加強技術經濟的分析工作，設計的技術經濟指標以達到或超過國內同類型工廠生產實際平均先進水平為宜。
③生物制藥工廠設計是系統工程，涉及相關的規范、規定等，在應用時，要給予正確的體現。尤其是要遵循可持續發展的原則，嚴格執行《藥品生產質量管理規范》和標準工藝操作規程來指導設計。
④生物制藥工廠設計要求設計人員應具備一定的工程（或工廠）實踐經驗和理論知識，要經常深入生產現場，不斷總結提高，絕不能拿設計做試驗，不成熟的技術不能用于設計，以免給建設單位或業主帶來重大經濟損失。
⑤生物制藥工廠廠房應盡量做到造型簡單、簡潔，兼顧美觀大方生物制藥工廠廠房應首先做到滿足生產工藝，否則會給工藝設計等專業帶來極大的困難或不合理。