（1）潔凈室在使用過程中應當是一個封閉環境，其門、窗（包括傳遞窗）均應關閉，以免外界空氣對室內空氣的干擾。現在有許多已建成的手術室開著大門操作，這顯然是不允許的，如果是因為新風量不足等原因，則應當從系統上查找因素，予以整改。
（2）在潔凈室工作的人員活動不要過于激烈，防止衣著鞋帽等纖維質材料過多的脫落，造成室內潔凈狀態的超標。一般來說無論是醫生還是護士都應當有較為固定的活動范圍及活動路線，做清潔的事情可在送風側進行；做不干凈的有污染的事，可以回風口隨近進行，在空調設計布置室內送、回風口位置時應考慮室內使用因素。
（3）所有進入潔凈室的物品均需清潔、消毒，個人物品及未按規定清潔、消毒的物品不準帶入潔凈室內。潔凈室使用的器具選用及擺放位置也應當考慮潔凈因素，所有器具的擺放都不應將回風口擋住。手術室無影燈對室內空氣流動的影響較大，應當選用潔凈手術室專用的無影燈。
（4）手術用的器具、敷料等應預先消毒，進入潔凈手術室后放入器械柜，手術前才能打開，盡量減少與空氣接觸的時間。
（5）盡可能利用傳遞穿進行物品的傳遞，尤其是污物，要通過污物傳遞穿直接進入污物走廊，以免污染潔凈區。