1、經濟性方面
（1）對于高級別的生物安全實驗室，由于其造價昂貴，不宜盲目攀比建設，避免造成浪費。在立項建造生物安全實驗室前，首先應對實驗室的主要用途，基本的性能指標，以及建造實驗室的目的等有透徹的了解。要根據試驗對象的危害性確定生物安全實驗室的等級，不能盲目的追求高等級，因為級別越高，建造和運行費用也越高。
（2）要平衡初次投資和運行費用之間的關系，不能只追求很低的初投資，選擇廉價的設備或簡易的系統形式，而忽略了運行費用，避免出現建得起而用不起的尷尬情況。設計時要進行壽命周期費用（life cycle costing）分析方法，經技術經濟分析后選擇合理、經濟的設計方案。
2、平面布局的問題
過于繁瑣的平面布局，只能增加使用中的不便，并不能真正起多少實際作用；照搬國外簡單的實驗室布局，也不符合中國的環境特點和管理水平。一些實際工程由于平面布局不合理，增加了初投資和管理難度，有的影響了實驗室內的空氣潔凈度。因此，一個完善合理的布局非常重要，這就要求業主和設計方要有對生物安全的充分理解以及相互之間的充分溝通。
3、設備備用問題
(1)沒有設置備用電源。如三級生物安全實驗室要求雙路獨立供電，或采用備用發電機組，而四級生物安全試驗室要求有第三備用電源。條件不具備時需要另設不間斷電源，不間斷電源的供電能力要求不少于45分鐘。有的三級生物安全試驗室僅采用普通市政供電，沒有任何備用措施，顯然不滿足要求。
(2)排風機的備用問題。為了保證實驗室內在任何情況下都保持負壓，三級、四級生物安全實驗室的排風系統要求應設置備用排風機，但很多工程沒有設置。更有甚者排風系統沒有備用風機，但送風設置了備用風機。
4、系統的調節和控制功能
系統的調節和控制功能。為了嚴格保證實驗室內各個區域內的壓差和壓力梯度，送風和排風系統上應安裝必要的風量調節裝置，而不能用普通調節閥代替。有些工程生物安全柜和房間的排風沒有經過嚴格的設計計算，在系統調試時不能滿足設計要求的壓力梯度，或壓力梯度不穩定。
沒有完善的自控系統，缺少應對突發事件的能力，也是目前已竣工實驗室的一個主要問題。雖然竣工驗收時各區域的壓力梯度可以調整到滿足要求，但在實際運行過程中，由于高效過濾器阻力變化，缺乏專業運行管理人員等原因，沒有自控系統的實驗室不能確保壓力梯度。因此必須重視生物安全實驗室的自控系統。
5、要重視工程檢測
生物安全實驗室竣工后，首先應經過國家授權的檢測機構的檢測，這是很重要的一個環節。檢測的內容應包括實驗室的嚴密程度、各個房間之間的負壓值、空氣氣流流向、高效過濾器檢漏、潔凈度級別、自控系統等多個方面。
6、其他注意事項
嚴禁把生物安全實驗室建成正壓實驗室，應按規定安裝防火閥，嚴禁用凈化工作臺來代替生物安全柜，嚴禁用安全柜的排風代替房間排風等。普通凈化工作臺與生物安全柜工作原理和用途完全不同，根本無法保護人體免受微生物感染，這是十分危險的。