對于食品工廠設計裝修來說，食品工廠潔凈室的檢測主要是指對食品工廠潔凈室或潔凈區域的空氣潔凈度等級等進行測定，生物潔凈室還應進行浮游菌、沉降菌的測試。在工程建設過程的檢測主要包括工程竣工驗收和潔凈室綜合性能評定兩個階段的檢測；在潔凈房使用過程中，應對潔凈室或潔凈區域進行監測，并定期進行綜合性能測試，以認證該食品工廠潔凈室或潔凈區域始終符合要求。
一、食品工廠潔凈室的檢測應首先指定潔凈室或潔凈區的占用情況，潔凈室的檢測狀態應根據《潔凈廠房設計規范》和ISO14644標準的規定劃分為三種類型的空氣、靜態和動態。
1、空狀態檢測。在沒有生產設備、材料和生產人員在場的情況下進行的試驗稱為空氣狀態試驗。
2、靜態檢測。設施已完成，生產設備已按照用戶和供應商商定的方式安裝和操作，但在沒有生產人員在場的情況下進行的試驗被稱為靜態檢測。
3、動態檢測。設施應在規定數量的人員在場的情況下，以明確的方式操作，以共同商定的方式進行的測試應稱為動態測試。
二、食品工廠潔凈室的檢測可分為潔凈室工程竣工驗收、綜合績效評價的檢測與運行、定期綜合性能檢測的檢測。運行中潔凈室或潔凈區的監測和定期的綜合性能認證試驗尚未引起有關方面的重視。修訂后的《潔凈室設計規范》附錄中規定了“食品工廠潔凈室或潔凈區性能試驗和認證”的要求，其目的是對潔凈室（區）進行監測，并定期進行綜合性能試驗，以證明潔凈室（區）的潔凈室（區）始終滿足設計要求，確保工廠生產環境滿足產品質量要求，達到穩定的產品質量和產量，創造較好的經濟效益。
三、施工單位是最關心運行狀態食品工廠潔凈室的空氣潔凈度等級，即生產設備運行的試驗結果和操作員在操作員在場的情況下的工作狀態，即動態試驗結果。然而，施工人員通常希望空狀態下的試驗結果作為工程的最終驗收。
竣工驗收的檢查和調整，應當在“中國潔凈室建設驗收規范”規定的空、靜態條件下進行。綜合綜合評價的檢測狀況由施工單位、設計單位和施工單位決定。主要原因是潔凈室的動態試驗一般超出了潔凈室建設單位的控制范圍，以空置狀態或靜態為試驗狀態的要求能更及時、客觀地評價工程質量。
食品工廠潔凈室的施工和驗收規范中也有明確的規定，施工單位負責項目的全面性能的竣工驗收和綜合評價，設計和施工單位應相互配合。前一階段主要檢查施工質量。后期不僅施工質量達到設計要求，而且綜合性能達到設計要求。