藥品的生產過程既是原料的消耗過程和產品的形成過程，也是污染物的產生過程，藥品所采取的生產工藝決定了污染物的種類、數量和毒性。因此，防治污染首先應從合成路線入手，盡量采用那些污染少或沒有污染的清潔生產工藝，改造那些污染嚴重的落后生產工藝，以消除或減少污染物的排放。其次，對于必須排放的污染物，要積極開展綜合利用，盡可能化害為利。最后才考慮對污染物進行無害化處理。
清潔生產是指不斷采取改進設計、使用清潔的能源和原料、采用先進的工藝技術與設備，改善管理、綜合利用等從源頭削減的措施，提高資源利用效率，減少或者避免生產，服務和產品使用過程中污染物的產生和排放，以減輕或者消除對人類健康和環境的危害。清潔生產的定義包含兩層含義：一是清潔生產的內容；二是清潔生產的目的。清潔生產的內容有“改進設計”、“使用清潔的原料和能源”、“采用先進的工藝技術與設備”、“綜合利用”及“改善管理”，除“改善管理”外，其他內容所涉及的均為清潔生產技術。
清潔生產技術的基本特點如下。
1、原料轉化率高及廢物產生量小。生產的設計者和經營者都希望原料100％轉化成產品，但由于原料的純度不可能做到100％，其轉化率也不可能做到100％，即使對使用純料的機械加工行業而言，也總會剩余一些邊角廢料。對于化學制藥工業來講，由于大多數化學反應是可逆的，要做到原料的100％轉化更是可望而不可及。廢物就是未反應的原料、中間產品或終產品。一般來說，原料的轉化率越高，廢物的產生量就越少。清技術的第一特點就是要具有原料的轉化率高、廢物的產生量少。
2、工藝流程或生產周期短。對于以化學反應為主的化學制藥來說，工藝流程的長短是非常重要的。工藝流程越長，涉及的化學反應越多，導致的原料損失就越大，產生的廢物就越多，且基建與設備的投資就越大。
3、生產裝置規模大。生產裝置和設備的大型化絕不是數字的簡單加和，需要采用許多新技術。生產裝置和設備的規模大小與能耗、物耗、產率、產污有著直接關系
4、自動化程度高。自動化程度高，不僅僅是為了節省力，更重要的是能夠在選擇的優化工藝條件下自動操作，以最少的原料獲取最多最好的產品，即取得最大的利潤，產生最少的廢物
5、化學反應速度快。大多數化學反應不但具有可逆性，而且反應速度慢，甚至于慢到看不出反應的進行。為了加快化學反應速度，要使用催化劑。催化劑的品質和性能是決定化學反應速度的關鍵。
6、能量消耗少。清潔生產技術不但要求較少的物耗，而且要求較少的能耗。同樣的技術消耗的能量不同，除了技術本身的原因外還有管理方面的問題。
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