這里所說的潔凈室施工，是指除土建施工以外服務于潔凈室的其他工種的施工。它包含的專業多、工種多。所以施工組織設計及現場協調統籌工作至關重要。沒有好的項目經理及綜合素質高的技術管理人員，就很難保質保量地完成任務。
潔凈室的種類繁多，每種潔凈室的施工都有其自身的特點。用途不同，材料不同，施工工序也不同。下面以固體制劑制藥車間為例，介紹其施工程序，其他的潔凈室施工程序可以此作為參考，進行適當修改即成。
新建制藥車間，大都是以土建框架結構為外殼，在其內采用滿足GMP要求的輕型壁板材料（如彩鋼夾芯復合板）進行分割、裝修即:通常所說的大房子里套小房子的結構模式。在土建外殼完工，外門、外窗安裝完畢并把現場清理干凈后，方可進行凈化空調工程的施工。
總的施工程序:先有塵作業，后無塵作業，不允許二者交叉作業。否則會影響工程質量。也就是說把所有產塵作業完成后，才可以進行不產塵的作業。產塵的作業有:各種管道的支吊架的安裝，各種吊桿、吊件的安裝，管道的焊接等。這就需要各專業、各工種在施工組織設計中，把這些在安裝過程中產塵的作業排列在前，由項目經理及相關技術人員進行統籌安排。即使該工種還不到進場的時間，也應派少量人員先進場進行相關的產塵作業。也可由各專業產塵作業的有關操作人員組成施工組，先進場進行各自的吊桿、吊件等產塵作業的安裝。待產塵作業基本完工后，再按總的施工組織設計確定的施工工序，安排相關專業依次進場施工，這是比較理想的施工順序。在實際施工中，經常是分專業分工種、分時段進場。這種安排便于各專業、各工種的管理。但很容易出現有塵與無塵的交叉作業情況，這種施工安排應盡量避免。若不可避免，應做好防塵保護及有效清潔工作。