無論是潔凈手術室、ICU監護室，還是血液病潔凈室及其他潔凈病房，其功能都是為病人提供適宜的醫療環境，為醫護人員提供舒適安全的工作環境。同時，尤為重要的是要有效降低醫院感染的發生。因此，需對潔凈室空氣溫度、濕度、氣流速度、空氣潔凈度、浮游菌（沉降菌）等參數進行控制。其中對手術室、ICU監護室和無菌病房的要求更為嚴格。
1.潔凈手術室溫度控制
溫度不僅影響術中病人的狀態，還影響醫務人員的工作情緒和工作效率，若溫度過高，不僅造成能源的浪費，而且會使術中病人及醫務人員出汗，增加切口的污染。若溫度過低，會使術中病人發生冷顫，影響手術的成功率因此，保證手術室適宜的溫度是十分必要的。應根據手術性質、術中病人的衣著情況，由專人負責設置適宜的溫度。應做好教育工作，加強管理，不許隨便設置溫度。
2.保證潔凈室的潔凈度
醫院手術室、ICU監護室、血液病無菌室、精密醫療設備室等潔凈室的凈化空調系統需定期進行檢查和檢測，保證其潔凈度始終符合要求，發現問題要及時進行處理。回風過濾器應定時進行清洗，通常，粗效過濾器宜1～2個月清洗一次；中效過濾器每季清洗一次（視潔凈室的性質而靈活掌握，若為潔凈病房，清洗周期應縮短），每12年更換一次；高效過濾器應根據阻力或風速變化情況決定更換時間，一般2～4年左右更換一次。
3.提高室內空氣品質
醫院潔凈病房、潔凈手術部的新風量是決定空氣品質的主要因素，要使有限的新風得到充分的利用，必須有合理的氣流組織，使室內平均空氣齡減小，以便能將污染物及時排出（在潔凈室設計時就應與設計人員進行溝通；要想法提高新風的新鮮度及新風品質，應做到經常清洗或更換新風過濾器，并定期進行消毒殺菌，一般一個月清洗、消毒一次。運行中遇有突發傳染病案，凈化空調系統的所有過濾器必須先消毒、后更換。
4.防止細菌滋生
應安排專人負責管理凈化空調系統的運行，經常監測空氣污染情況，對凈化空調系統定期清洗、消毒，對潔凈病房及潔凈手術部內末端送風擴散板上的塵埃、風機盤管的凝水盤上的污物要及時清除。在每年春、秋季，應對空調進行徹底清洗滅菌，防止細菌滋生，保持良好的待機狀態。必須定期對凈化空調機組內的表冷器、凝水盤及加熱器進行消毒沖洗；若遇到疫情，應使凈化空調系統直流式運行；新風機組宜每周消毒沖洗一次。對為傳染病人、醫學觀察對象或密切接觸者服務的凈化空調機組、風機盤管的凝結水必須單獨收集，經消毒處理后方可排放。凈化空調機組的凝水盤必須保持排水通暢。