醫藥廠房總平面設計是在主管部門批準的廠址上，按照生產工藝流程及安全、運輸等要求，經濟、合理地確定各建（構）筑物、運輸路線工程管網等設施的平面及立面關系。醫藥廠房總平面設計是醫藥廠房設計的一個重要組成部分，其方案是否合理直接關系到醫藥廠房設計的質量和建設投資的效果。總平面設計不協調、不完善，不僅會使工程項目的總體布局素亂、不合理，建設投資增加，而且項目建成后還會帶來生產、生活和管理上的問題，甚至影響產品質量和企業的經營效益。
醫藥廠房總平面設計的內容繁雜，涉及的知識面很廣，影響因素很多，矛盾也錯綜復雜因此，在進行總平面設計時，設計人員要善于聽取和集中各方面的意見，充分掌握醫藥廠房廠址的自然條件、生產工藝特點、運輸要求、安全和衛生要求、施工條件以及城鎮規劃等相關資料，按照總平面設計的基本原則和要求，對各種方案進行認真的分析和比較，力求獲得最佳設計效果。
1、上級部門下達的設計任務書。
2、建設單位提供的有關設計委托資料。
3、有關的設計規范和標準，如《藥品生產質量管理規范》（2010年修訂版）《工業企業總平面設計規范》（GB501872012）、《化工企業總圖運輸設計規范》（GB504892009）、《廠礦道路設計規范》（GBJ22-87）、《建筑設計防火規范》（GB50016-2014）、《化工企業供電設計技術規定》（HG/T206641999）、《爆炸危險環境電力裝置設計規范》（GB500582014）、《壓力管道規范工業管道》（GB/T208012006）、《工業金屬管道設計規范》（GB503162000，2008版）、《醫藥工業潔凈廠房設計規范》（GB50457-2008）、《潔凈廠房設計規范》（GB50073201）、《采暖通風和空氣調節設計規范》（GB500192003）、《工業企業設計衛生標準》（GBZ1-2010）、《制藥工業水污染物排放標準》（GB21903～219082008）、《大氣污染物綜合排放標準》（GB16297-1996）、《惡臭污染物排放標準》（GB1455493）、《工業企業噪聲控制設計規范》（GB/T500872013）等。
4、醫藥廠房廠址選擇報告
5、有關的設計基礎資料，如設計規模、產品方案生產工藝流程、車間組成、運輸要求、勞動定員等生產工藝資料以及廠址的地形、地勢、地質、水文、氣象、面積等自然條件資料。