一、盡量減少建筑面積
有潔凈度等級要求的車間，不僅投資較大，而且水、電、汽等經常性費用也較高。一般情況下，廠房的潔凈度等級越高，投資、能耗和成本就越大。因此，在滿足工藝要求的前提下，應盡量減少潔凈廠房的建筑面積。例如，可布置在一般生產區（無潔凈等級要求）進行的操作不要布置在潔凈區內進行，可布置在低等級潔凈區內進行的操作不要布置在高等級潔凈區內進行，以最大限度地減少潔凈廠房尤其是高等級潔凈廠房的建筑面積。
二、防止污染或交叉污染
1、在滿足生產工藝要求的前提下，要合理布置人員和物料的進出通道，其出入口應分別獨立設置，并避免交叉、往返。
2、應盡量減少凈化車間的人員和物料出入口，以利于全車間潔凈度的控制。
3、進入凈化車間的人員和物料應有各自的凈化用室和設施，其設置要求應與凈化車間的潔凈等級相適應。
4、潔凈等級不同的凈化車間之間的人員和物料進出，應設置防止交叉污染的設施。
5、若物料或產品會產生氣體、蒸汽或噴霧物，則應設置防止交叉污染的設施。
6、進入潔凈廠房的空氣、壓縮空氣和惰性氣體等均應按工藝要求進行凈化。
7、輸送人員和物料的電梯應分開設置，且電梯不宜設在潔凈區內，必須設置時，電梯前應設氣閘室或其他防污染設施。
8、根據生產規模的大小，潔凈區內應分別設置原料存放區、半成品區、待驗品區、合格品區和不合格品區，以最大限度地減少差錯和交叉污染。
9、不同藥品、規格的生產操作不能布置在同一生產操作間內。當有多條包裝線同時進行包裝時，相互之間應分隔開來或設置有效防止混淆及交叉污染的設施。
10、更衣室、浴室和廁所的設置不能對凈化車間產生不良影響
11、要合理布置潔凈區內水池和地漏的安裝位置，以免對藥品產生污染A級凈化車間內不得設地漏，B級、C級凈化車間內也應少設地漏。
三、合理布置有潔凈等級要求的房間
1、潔凈等級要求相同的房間應盡可能集中布置在一起，以利于通風和空調的布置。
2、潔凈等級要求不同的房間之間的聯系要設置防污染設施，如氣閘室、風淋室、緩沖間及傳遞窗等。
3、在有窗的潔凈廠房中，一般應將潔凈等級要求較高的房間布置在內側或中心部位。若窗戶的密閉性較差，且將無菌凈化車間布置在外側時，應設一封閉式的外走廊，作為緩沖區。
4、潔凈等級要求較高的房間宜靠近空調室，并布置在上風向。
四、管道盡可能暗敷
凈化車間內的管道很多，如通風管道、上下水管道、蒸汽管道、壓縮空氣管道、物料輸送管道以及電氣儀表管線等為滿足凈化車間內的潔凈等級要求，各種管道應盡可能采用暗敷。明敷管道的外表面應光滑，水平管線宜設置技術夾層（以水平構件分隔構成的輔助空間，如位于吊頂以上或地板以下的空間等，可容納水平走向的管線或作為凈化空調系統的送風靜壓箱或回風靜壓箱），穿越樓層的豎向管線宜設置技術夾道或豎井（以垂直構件分隔構成的夾道或豎井，可容納豎向、特別是越層的豎向管線）。此外，管道的布置應與通風夾墻、技術走廊（以垂直構件分隔構成的廊道式空間，既可容納水平管線，又可容納豎向管線，還可容納真空泵等不宜安裝在凈化車間內的輔助生產設備）等結合起來考慮。
五、室內裝修應有利于清潔
凈化車間內的裝修應便于進行清潔工作。凈化車間內的地面、墻壁和頂層表面均應平整光滑、無裂縫、不積聚靜電，接口應嚴密、無顆粒物脫落，并能經受清洗和消毒。墻壁與地面、墻壁與墻壁、墻壁與頂棚等的交界連接處宜做成弧形（弧度一般不小于50mm）或采取其他措施，以減少灰塵的積聚，并有利于清潔工作。
六、設置安全出入口
工作人員需要經過曲折的衛生通道才能進入凈化車間內部，因此，必須考慮發生火災或其他事故時工作人員的疏散通道。
潔凈廠房的耐火等級不能低于二級，潔凈區的安全出入口不能少于兩個。無窗的廠房應在適當位置設置門或窗，以備消防人員出入和車間工作人員疏散。
安全出入口僅作應急使用，平時不能作為人員或物料的通道，以免產生交叉污染。