由于醫藥潔凈廠房在建筑設計上要考慮密閉和安裝凈化空調系統的要求，因此，與一般的工業廠房相比，醫藥潔凈廠房在布置和構造上有許多自身的特點。醫藥潔凈廠房通常是無窗的，有外窗的也多為不可開啟的雙層密封窗。無窗廠房發生火災時不易被外界發現，故其消防問題尤為突出。醫藥潔凈廠房的出入口較少，這給火災時的人員疏散和消防人員進出帶來了困難。火災發生后，保溫及裝修材料會產生大量的毒氣和濃煙，加之醫藥潔凈廠房的封閉式結構，對人員疏散和滅火搶救十分不利。此外，醫藥潔凈廠房中的空調風管密布，潔凈室之間通過風管相通，若火災發生時仍繼續回風，則風管將成為火及煙的主要擴散通道。
由于醫藥潔凈廠房存在許多不利于防火防爆的因素，一旦發生火災，往往會造成嚴重損失。因此，有潔凈度要求的廠房更應重視防火防爆問題。
首先，醫藥潔凈廠房的耐火等級不能低于二級，廠房的層數和占地面積必須符合相關規定。其次，無窗的醫藥潔凈廠房應在適當位置設置門或窗，以備車間工作人員疏散和消防人員進出醫藥潔凈廠房的每一層、每一防火分區或每一潔凈區的安全出口均不能少于兩個，且安全出口至最遠工作點的距離必須符合相關規定。第三，醫藥潔凈廠房內的建筑材料應選用非燃燒或難燃燒材料，以提高整個醫藥潔凈廠房的防火性能。例如，各種技術豎井的井壁應選用耐火極限不低于1h的非燃燒體；吊頂材料應選用耐火極限不低于0.25h的非燃燒體或難燃燒體；隔墻材料應選用耐火極限大于0.5h的非燃燒。第四，凈化空調系統及其附屬設施應符合建筑防火的要求。例如，空氣過濾器應適應建筑防火的要求，其安裝骨架應采用非燃燒體；各種風管的保溫材料、消聲材料和密封材料應采用非燃燒或難燃燒材料。第五，應防止風管或孔道成為火及煙的擴散通道。例如，穿過樓板或防火墻的風管，其內應設置溫感或煙感的防火閥；穿過樓板或隔墻的管道，其周圍空隙應做嚴格的防火密封處理。