生鮮食品極易受到微生物的侵染，對加工環境衛生的要求也很嚴格，如何確保生鮮食品在安全、衛生的條件下生產成為生產車間設計的中心內容。顯然，只有良好的設計，在食品工廠設計及施工過程嚴格按照GMP法規要求，才能確保建廠后的生產有一個良好的環境與工作條件。
通常，為了節約用地，很多食品廠將生產廠房設計為多樓層。如將一樓設計為成品倉庫，二樓設計為內、外包裝區域，三樓為加工處理區域，四樓為大宗原料倉庫。而現代化的食品廠廠房，其食品廠設計主要是按生產過程需要和衛生控制要求安排各車間的位置。從投資成本、環境保護等角度考慮，有低樓層或單層的趨勢。對于一些舊食品廠廠房改造的設計，應盡量按照生產衛生要求及省時省力、兼顧生產效率的原則進行車間設計。總的來說，食品廠設計應充分考慮生產效率，減少原料及成品的運送距離，人流、物流通道暢通，并按照衛生要求設計，不會由于原料的運送及操作人員的流動而污染清潔操作區的環境。在需要的情況下，可設計物料專用升降機或輸送管路/通道，以便于直接進入潔凈度要求高的區域（如清潔操作區一內包裝室，潔凈度要求最高）。
為了便于對不同生產區域進行食品廠設計和衛生管理，通常將食品工廠車間按車間（區域）的空氣潔凈度不同劃分為非食品處理區、一般生產區、準潔凈生產區和潔凈生產區準潔凈生產區和潔凈生產區屬于管制（監管）生產區，如圖1所示。
圖1
1.一般生產區
一般生產區指原料倉庫、材料倉庫、外包裝室及成品倉庫等與產品生產關系密切，但其區域內空氣的潔凈度要求次于管制生產區的操作區域。通常也包括原料的預處理場所，即從事生鮮原料的整理、準備、選別、清洗、去皮、修整、分切等處理生產的場所。
2.準潔凈生產區
準潔凈生產區指加工調理場等潔凈度要求次于潔凈生產區的操作區域，包括食品加工調理場（如從事切割、磨碎、混合、調配、整形、成型等處理生產的場所）、內包裝材料的準備室（指不必經任何清洗消毒程序即可直接使用的內包裝材料，進行拆除外包裝或成型等的操作場所）、緩沖室（指原材料或半成品未經過正常制造流程而直接進入管制生產區時，為避免管制生產區直接與外界相通，于入口處所設置的緩沖場所）。
3.潔凈生產區
潔凈生產區指易腐性、即食半成品（成品）內包裝前的存放場所，內包裝室（無菌包裝區）等潔凈度要求最高的操作區域。
4.管制生產區
管制生產區指潔凈度要求較高，對人員與原材料進出及防止有害動物侵人等必須有嚴密管制的生產區域，包括潔凈生產區及準潔凈生產區。
5.非食品處理區
非食品處理區指品管（檢驗）室、辦公室、更衣及洗手消毒室、廁所等非直接處理食品的區域。
圖2是生鮮食品生產廠的廠房潔凈度要求劃分，供參考。
圖2