食品工廠衛生非常重要，規范化廠房內應有足夠的消毒、洗滌與衛生設施，包括：車間入口消毒通過池；為生產人員所設置的更衣室、淋浴室、廁所、洗手及消毒設施；為廠房所設置的清潔工具室及廢物處理設施等。
1、車間入口消毒通過池
為保持車間衛生，減少地面塵土污染，一般食品車間入口處要設有消毒通過池。池的大小要和車間工人人數和進出的頻度相適應。
消毒通過池根據生產品種和生產工藝的不同，其衛生要求也有很大的差異。如啤酒廠的前酵室、冰棍生產車間，其消毒通過池最好為長廊式，長度不小于2m，寬度1.2～1.4m，池水深度不低于10cm。在兩側墻壁的適當高度設有流水洗手設備。其他類食品生產車間消毒通過池可在門口設一個池子，大小以不能直接跨越為準，水深不低于10cm。池水要經常更換，注意保潔。設有車間專用鞋的糕點加工廠等，若車間門口設有換鞋架或換鞋間，可不設消毒通過池。
2、更衣室
食品生產人員在進入生產車間前必須在更衣室內換上清潔的隔離服及戴上帽子，以防外穿的衣服與頭發上的灰塵及脫落的頭發污染食品。潔凈區與非潔凈區的操作人員更衣室宜分開設置，如合在一起，則潔凈區操作人員需設置二次更衣室。
3、淋浴室
為了保證食品工廠的衛生符合GMP的規范，從事直接接觸食品的生產人員應在進入車間前洗澡。食品工廠設置淋浴設施對保證從業人員個人衛生十分必要。淋浴室可分散或集中設置，一般設置在衛生通過室的男、女更衣室旁邊，設小門相通，與更衣室、廁所形成一體。淋浴器龍頭按每班生產人員計，每20～25人設置1個，浴室建筑面積按每個淋浴器5～6平米計。
4、廁所
工廠廁所的位置及衛生條件直接影響食品衛生，這是因為廁所是蚊、蠅的孳生場所，廁所的地面常被帶有大腸菌群和雜菌的臟水污染，生產人員進、出廁所必須使用專用的鞋子，嚴格禁止穿工作服去廁所。
5、洗手及消毒設施
污染手指的細菌中與食品衛生有關的主要是金黃色葡萄球菌和腸道菌。在健康人的鼻腔分布較多的是金黃色葡萄球菌，手指接觸鼻部或擤鼻涕時受到污染，據調查，食品從業人員皮膚受此菌污染的占30％～40％。痢疾、傷寒、沙門氏菌等腸道病原菌對手指的污染，主要是因為大便后所用衛生紙數量較少。有人試驗，水樣大便要將衛生紙對折五次才能避免污染，在食品從業人員的手指上大腸菌群檢出率高達50％以上。所以，食品工廠設置洗手消毒設施十分重要。
6、清潔工具室
規范化廠房內由于使用了空氣處理系統，加上人員、物料均經過了適當的處理，其中的塵埃粒子數遠遠低于一般區域，盡管如此，這類廠房仍然存在由人員、設備產生的塵土、物料的污染等諸多污染因素，因而經常性的清潔衛生是十分必要的。為此，在設計時就要考慮存放清潔工具的小室，并且小室應位于被清潔的廠房內，能保持清潔工具的干燥，而且與其他室完全分離，避免不同生產區域內清潔工具混用。
7、物料傳遞窗
物料在按生產流程加工過程中，先后經過非潔凈間、準潔凈間、潔凈間等。為了不使操作人員和運輸小車等來回交叉污染，往往在各間界面處設立傳遞窗，通過輸送帶或工作臺進行物料傳遞，尤其是內包裝材料，往往經過消毒間或帶消毒裝置的傳遞窗送入包裝間。