藥品生產的空調凈化系統按照空氣流的利用方式，可劃分為全新風系統、一次回風空調系統、二次回風空調系統和嵌套獨立空氣處理單元的空調系統。
一、制藥廠全新風系統
將室外新風經過處理，達到能滿足潔凈要求的空氣送入室內，然后不回風直接將這些空氣全部排出（見圖1)。該系統適用于回風不可以循環利用的情況：
1、產生易燃易爆氣體或粉塵的區域；
2、產生有劇毒，有嚴重危害物質的區域；
3、有毒菌操作的區域；
4、有交叉污染風險的區域；
5、其他經局部排風仍不能控制污染的區域。
制藥廠全新風空調系統的優點在于可以對控制區域內的污染環境進行最大程度的置換或稀釋，大大降低交叉污染的風險，通風管路更加簡單，而缺點同樣明顯，那就是能源的巨大損耗，相關參數（溫度、濕度）較難控制，過濾器更換頻率高且需要對排氣的預處理（是否需要洗滌器、灰塵收集器、過濾器等）有其他的需求。
二、制藥廠一次回風空調系統
在回風可以循環利用的情況下，將經處理的室外新風與部分潔凈室內的冋風混合，再經過處
理送入潔凈室（見圖2)。該系統具有能耗低、過濾器維護成本低、相關參數易控制等特點，缺點是：增加回風管路后，夾層的風管路線較為復雜，新鮮空氣供應不夠充足。
系統回風再次引入到空調凈化系統中的接入點取決于系統回風空氣的質量參數。
a.如系統回風空氣的質量已完全符合潔凈環境的要求，可將系統回風直接接入到送風風機段前端，和經過過濾處理及溫度調節后的新風混合，經過終端過濾后再次進入潔凈室(區)內。
b.如系統回風空氣雖然已被輕微污染或有溫度偏差，但和經處理過的新風混合，并再次經終端過濾后可達到潔凈環境的要求，也可將系統回風接入到送風風機段前段。
c.如系統回風空氣中含較大的粉塵顆粒，不經二次預過濾處理而直接利用可能會對終端過濾器造成負面影響，應將系統回風接入到新風過濾段之前和新風混合，再次預過濾后循環利用。
d.如系統回風空氣溫度已偏離潔凈環境中的控制標準，經與處理過的新風混合仍不能達到沽凈環境的需求，應將系統回風接入到溫度處理段之前和新風混合，再次經溫度處理后循環利用。
三、制藥廠二次回風空調系統
在回風可以循環利用的情況下，先將部分回風與新風混合，經過處理后再與剩余的回風混合，
經處理后送入潔凈室（見圖3)。這種系統形式常用于高潔凈等級、工藝發熱量較小的潔凈
室。特點是：部分回風接入到新風過濾段，對新風溫度進行中和，從而有效降低新風處理所需的能源消耗，二次回風的利用節省了部分加熱熱量和部分制冷量，有效降低運行成本。缺點同一次回風空調系統。
四、嵌套獨立空氣處理單元的空調系統
為滿足特殊的生產工藝需求，在適宜的部位設置獨立功能的空氣處理裝置（見圖4)。常見獨立功能的空氣處理裝置有以下幾種。
1、局部潔凈等級控制設備，例如：存在局部 A 級環境。
2、局部溫度控制設備，例如：冰箱間因產熱較大，需獨立設置循環降溫單元。
3、局部濕度控制設備，例如：粉針分裝房間需控制低濕度，需獨立設置除濕機。