三廢處理是制藥廠廠房設計的重要問題，廢棄物的輸送及排放裝置宜設置計量、采樣及分析設施，廢棄物在處理或綜合利用過程中，如有二次污染物產生，還應采取防止二次污染的措施。因此，凡在生產過程中產生有毒有害氣體、粉塵、酸霧、惡臭、氣溶膠等物質，宜設計成密閉的生產工藝和設備，盡可能避免敞開式操作。如需向外排放，還應設置除塵、吸收等凈化設施。各種鍋爐、爐窯、冶煉等裝置排放的煙氣，必須設有除塵、凈化設施。含有易揮發物質的液體原料、成品、中間產品等貯存設施，應有防止揮發物質逸出的措施。
化學制藥廠排出的廢氣可分為3類:即含塵廢氣、含無機污染物廢氣和含有機污染物廢氣。含塵廢氣的處理實際上是一個氣、固兩相混合物的分離問題，可利用粉塵密度較大的特點，通過外力作用將其分離，含無機污染物或含有機污染物的廢氣則要根據所含污染物的物理性質和化學性質，通過冷凝、吸收、吸附、燃燒、催化等方法進行無害化處理。
生產裝置排出的廢水應合理回收重復利用，就工業廢水和生活污水（含醫院污水）的處理設計，應根據廢水的水質、水量及其變化幅度、處理后的水質要求及地區特點等，確定最佳處理方法和流程；并按清污分流的原則根據廢水的水質、水量、處理方法等因素，設計廢水輸送系統。擬定廢水處理工藝時，應優先考慮利用廢水、廢氣、廢渣（液）等進行“以廢治廢”的綜合治理。廢水中所含的各種物質，如固體物質、重金屬及其化合物、易揮發性物體、酸或堿類、油類以及余能等，凡有利用價值的應考慮回收或綜合利用。另外，對于輸送有毒有害或含有腐蝕性物質的廢水的溝渠、底下管線檢查井等的設計，必須考慮防滲漏和防腐蝕措施。
廢渣（液）的處理設計應根據廢渣液的數量、性質、并結合地區特點等，進行綜合比較，確定其處理方法。對有利用價值的，應考慮采取回收或綜合利用措施；對沒有利用價值的，可采取無害化堆置或焚燒等處理措施。為了防止生產裝置及輔助設施、作業場所、污水處理設施等排出的各種廢渣（液）以任何方式排入自然水體或任意拋棄，在對制藥廠的工藝進行設計時必須設計收集與輸送系統方式。諸如，輸送含水量大的廢渣和高濃度時，應采取措施避免沿途滴灑；有毒有害廢渣、易揚塵廢渣的裝卸和運輸，應采取密閉和增濕等措施，防止發生污染和中毒事故。