制藥廠廠房的另一安全問題是與防火同樣重要的防爆。有爆炸危險的制藥廠廠房宜獨立設置，最好采用敞開或半敞開式的廠房；宜采用鋼筋混凝土柱、鋼柱承重的框架或非架結構，鋼柱宜采用防火保護層。應設置必要的泄壓設施，泄壓設施宜采用輕質屋蓋作為泄壓面積，易于泄壓的門、窗、輕質墻體也可作為泄壓面積。作為泄壓面積的輕質屋蓋和輕質墻體的每平方米重量不宜超過120kg。泄壓面積與廠房體積的比值（m2/m3）宜采用0.05～0.22。爆炸介質威力較強或爆炸壓力上升速度較快的廠房，應盡量加大比值。體積超過1000m3的建筑，如采用上述比值有困難時，可適當降低，但不宜小于0.03。泄壓面積的設置應避開人員集中的場所和主要交通道路，并宜靠近容易發生爆炸的部位。
對于散發較空氣輕的可燃氣體、可燃蒸氣的制藥廠廠房，宜采用全部或局部輕質屋蓋作為泄壓設施。頂棚應盡量平整，避免死角，制藥廠廠房上部空間要通風良好。而散發較空氣重的可燃氣體，可燃蒸氣的甲類廠房以及有粉塵、纖維爆炸危險的制藥廠廠房，應采用不發生火花的地面。如采用絕緣材料作整體面層時，應采取防靜電措施。地面下不宜設地溝，如必須設置時，其蓋板應嚴密，并應采用非燃燒材料緊密填實；與相鄰廠房連通外，應采用非燃燒材料密封；散發可燃粉塵、纖維的廠房內表面應平整、光滑，并易于清掃。
有爆炸危險的甲、乙類生產部門，宜設在單層廠房靠外墻或多層廠房的最上一層靠外墻處。有爆炸危險的甲、乙類制藥廠廠房內不應設置辦公室、休息室，如必須貼鄰本廠房設置時，應采用一級、二級耐火極限不低于3h的非燃燒體防護墻隔開和設置直通室外或疏散樓梯的安全出口。有爆炸危險的設備應盡量避開廠房的梁、柱等承重布置。有爆炸危險的甲、乙類廠房總控制室應獨立設置；其分控制室可毗鄰外墻設置，并應用耐火極限不低于3h的非燃燒體墻與其他部分隔開。使用和生產甲、乙、丙類液體的廠房管、溝不應和相鄰廠房的管、溝相通，該廠房的下水道應設有隔油設施。