在藥廠設計中，藥廠廠房的結構設計是整個廠房設計的重中之重，藥廠的結構設計主要包括藥廠廠房高度設計、車間設計、車間布置、平面設計等，下面華盛興邦就談下藥廠廠房結構設計要點。
一、藥廠廠房的高度
藥廠廠房的高度主要決定于工藝設備布置、安裝和檢修要求，同時也要考慮通風、采光和安全要求。一般框架或混合結構的多層廠房，層高多采用5m～6m，不得低于4.5m；走道、操作臺通行部分的最小凈高度不得低于2m，即使不經常通行的地方其凈高度不得低于1.9m。每層高度盡量相同，不宜變化過多。層高應該采用300mm的模數。
在高溫及有毒氣體的廠房應適當增加凈高度，利于通風。
在藥廠設計中，在設計廠房空間高度時，除了設備的本身高度外，要考慮設備頂部凸出部分，如儀表、閥門和管路的附屬物，以及設備安裝和檢修高度。有時還要考慮設備內取出物的高度（如攪拌器等）。
二、制藥車間的平面形式與布置
制藥車間設計對于藥廠設計來說最為重要，制藥車間的平面形式一般如下。
廠房的平面輪廓:有長方形、正方形、L型、T型、E型、型等。其中以長方形最常見。
長方形:適用于中小型廠房。其主要優點是便于建筑廠房的定型化和施工方便，其次在設備布置上具有較大彈性，也有利于日后的發展安排。有利于自然采光和通風。L型、T型平面廠房適用于比較復雜的車間，也比較常用，其主要優點是，外部管道可由二個或三個方向進出車間。
正方形:除具備矩形平面的特點外，可節約圍護結構周長約25％，通用性強，有利于抗震，應用較多。
三、藥廠廠房寬度、長度和柱距
廠房的寬度、長度等數據的確定是藥廠設計的重要環節。
多層廠房的總寬度，由于受到自然采光和通風的限制，應不超過24m，一般為12m和15m。單層廠房的總寬度，不超過30m，一般為18m。寬度較小的單層廠房內一般不設立柱，即采用單跨，跨度為廠房的寬度。
常用的廠房跨度有6m，9m，12m，15m，18m，24m，30m等數種。一般有機化工車間，其寬度常為2～3個柱網跨度，其長度則根據生產規模及工藝要求來決定。
一般多層廠房采用6×6m的柱網，若柱網的跨度因生產及設備要求必須加大時，一般不應超過12m。
四、藥廠廠房層數
在GMP技術改造和新建工程中，以兩層、三層為多。且為鋼筋混凝土框架結構。