制藥潔凈室車間一般由生產部分（一般生產區及潔凈區）、輔助生產部分、行政一生活部分和通道四部分組成。對于制劑車間:
輔助生產部分包括物料凈化用室、原輔料外包裝潔凈室、包裝材料潔凈室、滅菌室；稱量室配料室、設備容器具潔凈室、清潔工具洗滌存放室、潔凈工作服洗滌干燥室；動力室（真空泵和壓縮機室）、配電室、分析化驗室、維修保養室、通風空調室、冷凍機室、原料、輔料和成品倉庫等。
行政一生活部分由人員凈化用室（包括雨具存放間、管理間、換鞋室、存外衣室、盥洗室、潔凈工作服室、空氣吹淋室等）和生活用室（包括辦公室、會議室、廁所、淋浴室與休息室，保健室和吸煙室等）組成。