對于藥廠凈化車間來說，在制藥生產過程中，同一設備會用于多批產品和多種產品的生產。在生產結束后，總會殘留若干原輔料和微生物。原輔料可能發生降解，微生物在適當的溫濕度條件下可能以殘留物中的有機物為營養大量繁殖，產生各種代謝物，從而大大增加殘留物的復雜性和危害程度。顯然，如果這些殘留的原輔料和降解產物、微生物和其代謝產物進入下批或下一品種產品生產過程，必然會產生不良影響，長此以往必定對藥廠凈化車間產生污染。因此，必須通過有效清潔將這些污染源從藥品生產的過程中去除。對相關設備進行生產后的有效清潔，是保持藥廠凈化車間潔凈度，防止藥品污染和交叉污染的必要手段。
在 GMP 中一直強調關于藥廠凈化車間的清潔、防止交叉污染的條款。為了達到相關法規規范的要求，生產企業應保證產品的殘留可以通過一定的清潔程序從設備表面清除，并提供書面證據證明各種污染和交叉污染已被有效控制。
設備的清潔程序取決于殘留物的性質、設備的結構、表面材質和清潔方法。對于確定的設備和產品，清潔效果取決于清潔方法，書面的、確定的清潔方法即所謂的清潔程序。清潔驗證即針對清潔程序的有效性進行的證明過程。
嚴格地講，絕對意義上的、不含任何殘留物的清潔狀態是不存在的。在制藥工業中，清潔的概念是指設備中各種殘留物（包括微生物及其代謝產物）的總量低至不影響下批產品規定的療效、質量和安全性的狀態。通過有效的清潔，可將上一產品生產殘留在生產設備中的物質減少到不會影響下一產品的療效、質量和安全性的程度，降低藥廠凈化車間被污染的風險。清潔驗證即對清潔程序的效力進行確認，通過科學的方法采集足夠的證據，以證實按規定的方法清潔后的設備，能始終如一的達到預定的可接受標準。