對于制藥廠凈化車間來說，我們需要經常對其經常消毒滅菌，這樣才能保持產品的質量，制藥廠凈化車間的用水系統需要定期消毒以減少微生物滋生的可能。常見的消毒方法如下。
一、化學品溶液消毒
常用 5%雙氧水或 1%過氧乙酸。市售的有多種不同混合液或其他化學品同樣能達到消毒效果。化學消毒劑需要考慮到對管道的腐蝕以及消毒劑殘留問題。
二、臭氧消毒
臭氧消毒分兩種方式：連續型和間歇型。采用水電解法制備臭氧的連續型消毒中，濃度很低的臭氧（0.05?0.1mg/L）就可以將微生物控制在很低的水平。采用水電解法制備臭氧的間歇型消毒，可能需要 0.1?0.2mg/L 的濃度，如果系統中滋生了微生物膜或制備臭氧的工藝為空氣源/氧氣源方法，則需要更高的臭氧濃度。消毒完成后水中的臭氧需要用紫外燈破除。
三、熱消毒
將制藥廠凈化車間的水處理系統加熱來進行定期消毒是非常安全有效的。消毒周期取決于系統設計。
方法是純化水分配系統中的循環處理水加熱到 80°C±3°C，并將此溫度保持一段經過驗證的時間。
注射用水可采用純蒸汽滅菌與過熱水滅菌兩種工藝。因經濟、安全等特征，采用過熱水滅菌
方式的企業在逐漸增多，此種方式要求系統是密閉壓力系統，即將系統中水加熱至 121°C 仍不汽化而保持為液態水循環以達到滅菌目的。