對于藥廠設計來說，實驗動物房運行管理的主要任務之一是維持飼養期間所需的潔凈度及溫、濕度。實驗動物房的空調凈化系統只是維持其潔凈度的基本物質保證，而動物房運行過程中的室內環境條件主要依賴于管理。大量的工程實踐表明：空態潔凈度達標的實驗動物房，如管理嚴格，其動態潔凈度可維持一年以上滿足要求，有的甚至達到兩年。而且，管理嚴格的開放系統可能比管理不當的屏障系統的飼養、實驗效果還要好。由此可見管理的重要。下面華盛興邦就談下藥廠設計之實驗動物房的運行管理。
在藥廠設計中，實驗動物房內的日常工作主要包括:定期加飼料，更換墊層，清洗籠具等飼養管理和以實驗為目的的各種處理和觀察。我國GMP實施指南中，對實驗動物的管理有如下規定:
（1）普通動物
1）制度:要有動物飼養室的規章制度、操作規程、衛生防疫制度、洗刷消毒制度、飼料加工制度、工作定額制度、崗位責任制度等。
2）工作記錄:應有籠卡、飼育室日記、動物賬目環境記錄（溫、濕度）和交接班記錄。
3）人員衛生:應有洗澡衛生設施、工作時一律穿戴配發的工作服、工作帽、口罩、手套、工作鞋。
4）鋪墊物要消毒，應達到清潔、干燥、無毒、無蟲、無感染源、無污染、不可吃、能吸水。
（2）清潔動物
除達到普通動物要求外，還必須達到:工作人員進入動物飼育室前應徹底淋浴，穿戴經滅菌的工作服、工作帽、口罩和手套。
飼育室的管理主要包括人、物的進出管理和設施的維護管理。