凈化空調系統是藥廠潔凈廠中最重要的設施，沒有凈化空調藥廠是無法生產藥品的，下面華盛興邦就談下藥廠設計之空調凈化系統。
空氣潔凈技術在一些方面是依附于空調技術的。維持室內潔凈要求的系統是在空調系統的基礎上完善、充實而形成的。用于制藥、食品、醫療、化妝品等行業的生物潔凈室又是在用于電子、宇航、精密加工、冶金等行業的工業潔凈室的基礎上，采取了一些適應生物凈化特點，對藥廠而言還有防止交叉污染的措施后移用過來的。如前所述，藥廠的空調凈化措施是實施GMP法的重要環節之一。為此，需對空調、凈化系統的基本型式和行業特點有所了解。
按空氣處理設備的設置情況，空調系統可分為:
1、集中系統，即所有空氣處理設備（風機、表冷器、加熱器、加濕器、過濾器等）集中設置在空調機房內的系統。被處理空氣通過送、回風管道輸配到各空調房間，并形成循環。這是目前多數藥廠采用的空調方式。
2、半集中系統，除設有集中機房外，還設有分散在各被調房間的冷熱交換裝置等二次設備，其功能是在空氣進入各空調房間前，對來自集中處理設備的空氣根據各室的需要作進一步處理。如辦公樓、賓館等常用的風機盤管系統和國內不多見的誘導空調系統等。
3、全分散系統，采用落地柜機、懸掛箱機以至壁掛、窗式空調機組，靈活而分散地直接設置在空調房間或相鄰走廊等近處，供給房間所需冷、熱量。
空調系統還可以按負擔室內負荷所用的介質種類分為:
1.全空氣系統，是指室內負荷全部由經過處理的空氣的空調系統。由于空氣比熱較小需要用較多的空氣量才能滿足室內消除余熱、余濕，或補給房間所需熱量和濕量的要求。因此通常風道斷面尺寸較大，在體育館、候車或候機大廳、商場、劇場等民用建筑和某些要求空調的車間采用這種型式。由于藥廠的主要車間在要求空調的同時還要求凈化。要靠送潔凈空氣來稀釋、替換工藝過程對生產環境的污染。因此，全空氣系統是制藥廠的主要空調方式。
2.全水系統，空調房間的熱、濕負荷全靠設置于室內，以水為介質的熱交換排管等裝置帶走或供給。這種方式不能解決房間的通風換氣問題，也滿足不了潔凈室為保持室內潔凈度，需要相對于室外或相對污染的鄰室維持正壓的要求。這種空調方式在制藥廠不宜采用。一些位于冬季采暖的北方地區的制藥廠，在潔凈室與室外相鄰的緩沖走廊或外參觀走廊外側設置散熱器，以分擔潔凈室空調系統的供熱負荷和兼起值班采暖作用，這或者是此種方式與制藥廠為數不多的一點聯系。
3.空氣一水系統，是目前公用建筑空調系統最廣泛的采用形式。它既不完全依靠空氣來負擔熱、濕負荷，可以減小風道少占建筑空間，又避免了全水系統不能夠滿足衛生、正壓等要求的弊病。帶新風的風機盤管系統，誘導器系統都屬這種空調方式。對M6.5級及更大的級別的潔凈室，按國外的規定是許可設置冷熱交換的室內循環機的。
3這種方式對于生產過程中產塵量較大的車間顯然不適宜即便風機盤管這類設備前設置一般過濾器，也難保換熱表面長期運行不積沉污物。國內所生產的風機盤管受風壓所限，只可配置簡易濾網，過濾能力不強，這也是國內在潔凈室中不常采用空氣一水系統的原因之一。