潔凈空調系統經過冷熱源系統、空氣處理設備以及空氣輸送系統即風管、部件的制作和管路等的安裝，構成了一個完整的系統。但要使空調系統與潔凈房間的溫度、濕度、氣流速度、靜壓差及潔凈度等參數能夠達到設計給定參數或生產工藝的要求，必須通過潔凈空調系統的調試。因此，藥廠凈化車間施工完成后調試的目的主要有以下三點:
第一:使潔凈空調系統各空間的換氣次數（單向流區為斷面風速）和室內壓差梯度等參數，能達到設計、生產工藝要求和建設單位的使用要求，還需使其偏差符合國家、行業規范要求。
第二:使潔凈空調系統空氣處理設備、連接管道系統的氣密性以及高效過濾器安裝后的泄漏率符合國家、行業規范要求，保證室內潔凈度符合設計要求。
第三:使潔凈空調系統的冷熱源和空氣處理設備所需的水力系統相互匹配和平衡，相關自控設備動作、邏輯、通信、記錄正常運行，以保證室內溫、濕度達到設計要求。