在藥廠設計中，藥廠凈化車間中的空氣潔凈度等級應根據(jù)生產(chǎn)工藝的特點和要求來確定，要選擇合適的氣流組織。不同潔凈度等級、不同氣流組織形式的潔凈空調(diào)系統(tǒng)應分開設置。主要有下列幾種情況:
1. 運行班次不同或使用時間不同的工藝房間不宜設為一個潔凈空調(diào)系統(tǒng)，否則不工作的凈化車間因和在工作的凈化車間是同一個潔凈空調(diào)系統(tǒng)而不能關(guān)閉，造成浪費，提高運行成本。若空調(diào)系統(tǒng)分開設置，可將不工作的凈化車間只運行值班風機，這樣可降低運行成本。
2.生產(chǎn)過程中散發(fā)的物質(zhì)對其他工序、設備會產(chǎn)生交叉污染，對產(chǎn)品質(zhì)量或操作人員的健康、安全有影響的凈化車間空調(diào)系統(tǒng)應分開設置，這種會造成交叉污染的凈化車間在電子工廠、制藥廠和各種實驗室都有。
3.溫濕度基數(shù)和精度要求差別大的凈化車間空調(diào)系統(tǒng)應分開設置。若不分開設置一般情況下都是按基數(shù)要求高的、精度要求嚴格的工藝來確定，這會造成工藝對溫濕度要求不高的也跟著高了，抬高了初投資和運行費用。
4.藥廠凈化車間內(nèi)工藝發(fā)熱量相差懸殊的系統(tǒng)應分開設置，因潔凈空調(diào)系統(tǒng)的送風量是根據(jù)潔凈度的級別或冷熱負荷來確定的，若發(fā)熱量差異大，那么發(fā)熱量小的凈化車間需要二次加熱才能滿足室內(nèi)的溫度要求，造成浪費，提高了運行成本。
5.藥廠潔凈空調(diào)系統(tǒng)與一般空調(diào)系統(tǒng)應分開設置，因一般空調(diào)系統(tǒng)無潔凈度要求，空氣不需要經(jīng)過三級（初、中、高）過濾，若合為一個系統(tǒng)，初投資和運行成本都會提高。
6.對于藥廠設計來說，系統(tǒng)風量過大的潔凈空調(diào)系統(tǒng)應分開設置。
7.對于藥廠設計來說，新風量特別大（因工藝排風量大）、室內(nèi)濕度要求高時，應獨立設置新風系統(tǒng)，如凈化車間濕度要求高而室內(nèi)發(fā)濕量又不大應在新風處理時就采取除濕措施。